El fomento a la colaboración entre instituciones se realiza ya sea por iniciativas directamente promovidas por la Presidencia, las Vicepresidencias y Secretarías Ejecutivas Subregionales, la Secretaría General, las Universidades afiliadas, así como por diversas instancias externas que son afines a la ODUCAL con las que la Organización mantiene un vínculo activo y estrecho, entre las que se encuentran la Santa Sede, el Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM) y las Conferencias Episcopales nacionales, la Federación Internacional de Universidades Católicas (FIUC), entre otros. 

No obstante, la gran mayoría de las acciones colaborativas son promovidas a través de los mecanismos creados por la propia ODUCAL para propiciar el contacto y la cooperación entre sus instituciones afiliadas. Hasta el año 2021, la ODUCAL ofrece un total de 18 mecanismos de colaboración interinstitucional, divididos entre Redes, Observatorios y Programas. De acuerdo con los Estatutos de la Organización, las propuestas para crear dichos mecanismos son presentadas a la Junta Directiva por el Secretario General, luego de que se recoge el interés o inquietud de alguna de las universidades afiliadas a la ODUCAL. La Junta Directiva tiene la facultad de aprobar la creación de dichos mecanismos, en tanto que el Secretario General es responsable de dar seguimiento a sus acciones y evaluar sus resultados.